MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis D-LC chromosome

Total Repeats: 22956

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017436	GCC	2	6	4	9	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_017436	TGC	2	6	63	68	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017436	ATT	2	6	75	80	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017436	CGA	2	6	97	102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017436	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017436	TAT	2	6	239	244	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017436	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017436	GAA	2	6	286	291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017436	AGA	2	6	315	320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017436	AGA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017436	CAA	2	6	442	447	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017436	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017436	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017436	CTC	2	6	614	619	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017436	GAT	2	6	676	681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017436	GAT	2	6	730	735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017436	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017436	ATG	2	6	793	798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017436	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017436	TATGGA	2	12	813	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017436	CCT	2	6	952	957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_017436	CTT	2	6	1013	1018	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017436	CAG	2	6	1078	1083	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017436	TGA	2	6	1139	1144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017436	A	6	6	1203	1208	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017436	AAG	2	6	1220	1225	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017436	TGG	2	6	1236	1241	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017436	CTT	2	6	1243	1248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017436	T	7	7	1247	1253	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017436	A	6	6	1258	1263	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017436	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017436	ATG	2	6	1336	1341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244089
33	NC_017436	GTG	2	6	1342	1347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244089
34	NC_017436	TCC	2	6	1351	1356	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244089
35	NC_017436	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244089
36	NC_017436	T	6	6	1384	1389	0 %	100 %	0 %	0 %	385244089
37	NC_017436	AGC	2	6	1392	1397	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244089
38	NC_017436	AAG	2	6	1403	1408	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244089
39	NC_017436	TAC	2	6	1441	1446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244089
40	NC_017436	GCT	2	6	1451	1456	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244089
41	NC_017436	AGTA	2	8	1489	1496	50 %	25 %	25 %	0 %	385244089
42	NC_017436	AAC	2	6	1549	1554	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244089
43	NC_017436	AGA	2	6	1561	1566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244089
44	NC_017436	T	6	6	1639	1644	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017436	TAA	2	6	1651	1656	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017436	T	7	7	1661	1667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017436	TC	3	6	1670	1675	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_017436	A	6	6	1733	1738	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017436	AGA	2	6	1817	1822	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
50	NC_017436	ATC	2	6	1824	1829	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244090
51	NC_017436	TGC	2	6	1844	1849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244090
52	NC_017436	ATGA	2	8	1893	1900	50 %	25 %	25 %	0 %	385244090
53	NC_017436	GATA	2	8	1931	1938	50 %	25 %	25 %	0 %	385244090
54	NC_017436	CAT	2	6	1968	1973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244090
55	NC_017436	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
56	NC_017436	AAG	2	6	2026	2031	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244090
57	NC_017436	GGA	2	6	2061	2066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244090
58	NC_017436	AG	3	6	2153	2158	50 %	0 %	50 %	0 %	385244091
59	NC_017436	ATC	2	6	2190	2195	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244091
60	NC_017436	TTTC	2	8	2228	2235	0 %	75 %	0 %	25 %	385244091
61	NC_017436	ATA	2	6	2340	2345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
62	NC_017436	AAC	2	6	2365	2370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385244091
63	NC_017436	GGT	2	6	2419	2424	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244091
64	NC_017436	AAT	2	6	2525	2530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
65	NC_017436	TTC	2	6	2560	2565	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244091
66	NC_017436	GCA	2	6	2579	2584	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
67	NC_017436	GGA	2	6	2627	2632	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244091
68	NC_017436	CAG	2	6	2646	2651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
69	NC_017436	GTT	2	6	2663	2668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244091
70	NC_017436	GGT	2	6	2755	2760	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244091
71	NC_017436	GA	3	6	2821	2826	50 %	0 %	50 %	0 %	385244091
72	NC_017436	T	6	6	2828	2833	0 %	100 %	0 %	0 %	385244091
73	NC_017436	AAG	2	6	2913	2918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
74	NC_017436	ATT	2	6	2975	2980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244091
75	NC_017436	TTG	2	6	3027	3032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244091
76	NC_017436	CATG	2	8	3109	3116	25 %	25 %	25 %	25 %	385244091
77	NC_017436	AAG	2	6	3138	3143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
78	NC_017436	AAG	2	6	3153	3158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
79	NC_017436	CAG	2	6	3195	3200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
80	NC_017436	GCT	2	6	3266	3271	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244091
81	NC_017436	TGTGA	2	10	3281	3290	20 %	40 %	40 %	0 %	385244091
82	NC_017436	TTCC	2	8	3414	3421	0 %	50 %	0 %	50 %	385244091
83	NC_017436	AAG	2	6	3432	3437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244091
84	NC_017436	CAG	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244091
85	NC_017436	GGA	2	6	3569	3574	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244091
86	NC_017436	AAT	2	6	3579	3584	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244091
87	NC_017436	TTGAA	2	10	3637	3646	40 %	40 %	20 %	0 %	385244092
88	NC_017436	ATT	2	6	3659	3664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244092
89	NC_017436	TGA	2	6	3689	3694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
90	NC_017436	TTTA	2	8	3812	3819	25 %	75 %	0 %	0 %	385244092
91	NC_017436	GTA	2	6	3921	3926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
92	NC_017436	GAGAA	2	10	3931	3940	60 %	0 %	40 %	0 %	385244092
93	NC_017436	AGA	2	6	3968	3973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
94	NC_017436	ATCC	2	8	4112	4119	25 %	25 %	0 %	50 %	385244092
95	NC_017436	GAA	2	6	4152	4157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
96	NC_017436	CGT	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244092
97	NC_017436	A	7	7	4328	4334	100 %	0 %	0 %	0 %	385244092
98	NC_017436	GTT	2	6	4335	4340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
99	NC_017436	GAAAA	2	10	4368	4377	80 %	0 %	20 %	0 %	385244092
100	NC_017436	A	7	7	4374	4380	100 %	0 %	0 %	0 %	385244092
101	NC_017436	TGA	2	6	4472	4477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244092
102	NC_017436	AT	3	6	4514	4519	50 %	50 %	0 %	0 %	385244092
103	NC_017436	TTACA	2	10	4523	4532	40 %	40 %	0 %	20 %	385244092
104	NC_017436	TTG	2	6	4567	4572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
105	NC_017436	TTC	2	6	4708	4713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244092
106	NC_017436	TCT	2	6	4800	4805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244092
107	NC_017436	AGA	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244092
108	NC_017436	GTT	2	6	4847	4852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385244092
109	NC_017436	GACG	2	8	4859	4866	25 %	0 %	50 %	25 %	385244092
110	NC_017436	GGT	2	6	4895	4900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244092
111	NC_017436	AAAGCT	2	12	4941	4952	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385244092
112	NC_017436	TTGG	2	8	4962	4969	0 %	50 %	50 %	0 %	385244092
113	NC_017436	CTC	2	6	4999	5004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385244092
114	NC_017436	AGC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244092
115	NC_017436	GCA	2	6	5055	5060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017436	A	6	6	5066	5071	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017436	AGA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017436	ATT	2	6	5149	5154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385244093
119	NC_017436	TCT	2	6	5167	5172	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244093
120	NC_017436	GCT	2	6	5213	5218	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244093
121	NC_017436	GTCTT	2	10	5219	5228	0 %	60 %	20 %	20 %	385244093
122	NC_017436	GAT	2	6	5248	5253	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385244093
123	NC_017436	TC	3	6	5264	5269	0 %	50 %	0 %	50 %	385244093
124	NC_017436	GA	3	6	5275	5280	50 %	0 %	50 %	0 %	385244093
125	NC_017436	ACG	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385244093
126	NC_017436	GAA	2	6	5310	5315	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
127	NC_017436	TGGA	2	8	5323	5330	25 %	25 %	50 %	0 %	385244093
128	NC_017436	AT	3	6	5379	5384	50 %	50 %	0 %	0 %	385244093
129	NC_017436	AGA	3	9	5387	5395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
130	NC_017436	GCT	2	6	5396	5401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244093
131	NC_017436	AGA	2	6	5405	5410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
132	NC_017436	TGG	2	6	5441	5446	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385244093
133	NC_017436	AGA	3	9	5459	5467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385244093
134	NC_017436	GGA	2	6	5468	5473	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244093
135	NC_017436	TG	3	6	5532	5537	0 %	50 %	50 %	0 %	385244093
136	NC_017436	T	6	6	5610	5615	0 %	100 %	0 %	0 %	385244093
137	NC_017436	TCA	2	6	5653	5658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244093
138	NC_017436	GGA	2	6	5690	5695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244093
139	NC_017436	CTTT	2	8	5700	5707	0 %	75 %	0 %	25 %	385244093
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262	NC_017436	AGG	2	6	11572	11577	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385244099
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268	NC_017436	A	6	6	11819	11824	100 %	0 %	0 %	0 %	385244099
269	NC_017436	TA	3	6	11869	11874	50 %	50 %	0 %	0 %	385244099
270	NC_017436	T	6	6	11878	11883	0 %	100 %	0 %	0 %	385244099
271	NC_017436	TAC	2	6	11905	11910	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244099
272	NC_017436	TCA	2	6	11912	11917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385244099
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401	NC_017436	AAT	3	9	18438	18446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385244105
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403	NC_017436	TCT	2	6	18466	18471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385244105
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405	NC_017436	CTTT	2	8	18565	18572	0 %	75 %	0 %	25 %	385244105
406	NC_017436	TGC	2	6	18594	18599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385244105
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409	NC_017436	GA	3	6	18764	18769	50 %	0 %	50 %	0 %	385244105
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437	NC_017436	T	6	6	19906	19911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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454	NC_017436	A	6	6	20554	20559	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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